Počátky strakonického piva se datují od roku 1308, i když vařit se začalo zřejmě již dříve. Várečné právo za poplatek do královské pokladny ale obyvatelé získali oficiálně až 8. prosince 1367 listinou Bavora IV.
Třicetiletá válka znamenala obrovské finanční výdaje, které se podepsaly i na strakonických pivovarnících. V roce 1649 kvůli tomu podepsali dohodu s městem a založili společný pivovar v domě s číslem popisným 47. V té době už bylo ve Strakonicích celkem 158 domů s várečným právem.
V roce 1840 měly městský i dominikánský pivovar zhruba stejný výstav piva.
Městský pivovar se postupně rozrůstal a primitivní postupy výroby začala nahrazovat průmyslová výroba. Nejen z tohoto důvodu vyrostl v letech 1873 až 1874 na březích Otavy parostrojní pivovar.
V roce 1948 byl pivovar znárodněn a začleněn do národního podniku Jihočeské pivovary České Budějovice. Od roku 1958 je pivovar začleněn jako samostatný závod do sítě podniku Jihočeské pivovary České Budějovice.
V roce 2004 byl zakoupen městem Strakonice a byla založena akciová společnost DUDÁK – Měšťanský pivovar Strakonice, která pivovar provozuje dodnes. V současné době se pivovar může pochlubit rozsáhlou modernizací provozu, která bude ukončena v roce 2019.